Kemunculan aliran liberalisma dan pluralisma agama di Malaysia dianggap ancaman baru kepada kesucian Islam. Ajaran yang wujud atas pelbagai nama ini mempromosikan beberapa aliran pemikiran antaranya beranggapan al Qur'an itu sebuah kitab tidak ilmiah, hukum hakam Islam adalah ciptaan Ulama, semua agama adalah sama sahaja dan pelbagai dawaan lainnya. Justru kerana itu kedua-dua fahaman tersebut diistihar sesat dan menyeleweng daripada ajaran Islam oleh Majlis Fatwa Kebangsaan Malaysia.
Dari segi sejarah aliran pemikiran ini muncul ada hubungkait dengan gerakan sekularisma. Sekularismalah yang akhirnya memunculkan aliran-aliran pemikira pelik ini. Sekularisma yang berasaskan gerakkan memisahkan gereja Kristian daripada sistem pemerintahan akhirnya cuba ditiru oleh sebahagian umat Islam untuk memisahkan umat Islam daripada al Qur'an dan Allah SWT.
Gerakkan yang bersumberkan aliran pemikira Kristian dibarat cuba dipaksakan pemakaiannya di kalangan negara Umat Islam. Kelihatannya usaha ini berjaya. Di kawasan Nusantara, aliran pemikiran sesat ini telah berkembang pesat antaranya di Indonesia.Di Indionesia mereka bergerak secara terang-terangan bahkan berani mengelarkan kumpulan mereka sebagai 'Jaringan Islam Liberal'. Tokoh aliran Liberal ini secara terang-terangan mempromosi aliran pemikiran mereka samaada melalui siaran TV, ceramah-ceramah, penulisan, perdebatan dan pelbagai lagi.
Di Malaysia, aliran pemikiran ini juga sudah mula berkembang. Walaupun ia tidak sehebat di Indonesia tapi keberanian kumpulan seperti ini untuk menampilkan diri kelihatan semakin jelas. Untuk disebut sebagai contoh, Kumpulan Sister In Islam (SIS) adalah antara kumpulan yang boleh dianggap membawa aliran liberal di Malaysia. SIS yang sering mempromosikan pemikiran songsang dan sesat daripada Islam akhirnya telah diistiharkan sebagai kumpulan ajaran sesat oleh Jabatan Mufti Kerajaan Negeri Selangor.
Kebelakangan ini,gerakkan liberalisma dan pluralisma agama cuba melebarkan pengaruhnya melalui aktiviti gerakkan Sivil. Mereka menonjolkan diri melalui apa yang dipanggil antaranya Gerakan Mempromosi Demokrasi, Gerakkan Sivil, Gerakkan Hak Asasi dan Gerakkan Menuntut Keadilan.Mereka telah menggunakan tema-tema ini untuk mempengaruhi masyarakat Islam dan rakyat Malaysia amnya.
Atas nama menuntut demokrasi, keadilan dan hak asasi mereka melakukan serangan terhadap dasar-dasar Islam kerajaan. Begitu juga mereka mensasarkan serangan terhadap agensi-agensi dan institusi Islam seperti institusi Ulama dan Mufti. Ulama dan Mufti digambarkan sebagai kelompok yang degil, berfikiran sempit, jumud dan pelbagai tuduhan lagi. Bukan setakat itu sahaja mereka juga secara berterusan menyerang segala peraturan yang berkaitan Syariah dan sebaliknya membela golongan seperti LGBT, penganut ajaran sesat dan lainnya.
Amat membimbangkan apabila gerakan liberalisma dan pluralisma agama yang dianggotai oleh Umat Islam ini sanggup bersekongkol dengan gerakan anti Islam untuk menyerang Islam dan umat Islam. Kemuncaknya, pernah terjadi isu khutbah jumaat yang dikeluarkan oleh JAKIM dituduh sebagai mempromosi extrimisma agama yang akhirnya ia mengundang kemarahan umat Islam. Terbaru mereka secara bersama memperolok dan menghina Enakmen Jenayah Syariah Hudud yang diluluskan oleh Kerajaan Kelantan.
Usaha oleh agensi-agensi Islam yang diketuai oleh JAKIM untuk membendung perkembangan liberalisma dan pluralisma agama adalah usaha yang patut dipuji.Beberapa tindakan agensi Islam seperti pengeluaran fatwa, tindakan menyekat kemasukan penceramah luar yang berfikiran liberal, penyebaran risalah dan buku yang mempromosi aliran liberal ini sedikit sebanyak dapat membendung pemikiran sesat ini daripada berkembang.Walaubagaimanapun usaha ini sewajarnya juga dilakukan oleh seluruh Umat Islam. Ini penting untyuk memastikan agar aqidah uamt Islam di Malaysia selamat dan terpelihara.